Pour créer une matrice avec uniquement des valeurs nan avec numpy une solution consiste à utiliser numpy.empty(), numpy.nan et fill():
import numpy as np
A = np.empty((5,5))
A.fill(np.nan)
donne
[[nan nan nan nan nan]
[nan nan nan nan nan]
[nan nan nan nan nan]
[nan nan nan nan nan]
[nan nan nan nan nan]]
Une autre solution est de faire
A[:] = np.nan
Note: pour vérifier qu'un élément de la matrice est nan, une solution est d'utiliser numpy.isnan
np.isnan(A[2,3])
donne
True